Po obodnim visoravnima (Ponikve, Stapari) i stranama klisure mogu se naći jame, potkapine, propasti, ponori i pećine Najveća pećina u klisuri je Megara, još uvek aktivna i pristupačna. Нalazi se u Staparskom delu klisure, na uzvišenju Gradina (u blizini naselja Popadići).
 Ulaz u pećinu se nalazi na južnim padinama brda Gradina, na 30 m od dna vertikalnog odseka na apsolutnoj visini od 570 m (J. Petrović, 1976). Pećina Megara je kraška pećina koja se sastoji od dva prohodna kanala: glavnog koji je suv (kratak, prostran, vijugav kanal koji se od ulaza sužava i na kraju slepo završava) i nižeg koji se račva neposredno pred izlazom. Ukupna dužina kanala Megare je 52 metra sa slabo izraženim pećinskim nakitom. Pećina je od praistorije bila kultno mesto na kome se veruje da se nalazio hram i žrtvenik ilirskog boga Jupitera Partinskog.
 Iako aktivna i atraktivna, pećina Megara je lokalitet koji nije uređen za turističke posete već je obilazak moguć isključivo uz prisustvo iskusnijih članova speleoloških ili planinarskih društava.