O podizanju manastira nema pouzdanih izvora na osnovu kojih bi se utvrdili podaci o vremenu njegovog osnivanja, ktitoru i toku izgradnje. Najverovatnije je podignut tokom 15. ili početkom 16. veka. Pisani izvori svedoče da je manastir Rujan 1529. godine posedovao prvu štampariju u Srbiji, koju je nabavio i u njoj radio monah Teodosije. Godine 1576. Turci su otkrili štampariju, spalili je, a manastir uništili. Preživeli monasi su prebegli u manastir Raču, tada najveći naš manastir u okolini i pretpostavlja se da su uticali na formiranje račanske prepisivačke škole.  Ostaci manastira su potopljeni nakon formiranja veštačkog jezera Vrutci 1980. godine. Novi manastir je sagrađen od 2004. do 2006. godine, a osveštan je 2007. godine i od tada u njemu borave monasi.

U manastiru Rujno 1529. godine počela je sa radom prva štamparija na teritoriji srednjevekovne Srbije, a 1537. je odštampana prva knjiga – Rujansko Četvorojevanđelje ćiriličnom azbukom sa srpskoslovenskom recenzijom. Radi se o primitivnom i tada jedino mogućem načinu štampe u duborezu. Ovaj  štamparski poduhvat u Srbiji se desio nepunih sto godina nakon što je u Gutembergovoj štampariji izašao prvi primerak štampane Biblije (1455), prve štampane knjige u svetu. Monah Teodosije je štampao četvorojevanđelje tako što je rezbario slova u drvetu, slagao ih u drveni ram i otiskivao na papiru. Za ovaj poduhvat koristio je jedan kalup i dve boje, pa je na kalup najpre nanosio crnu boju, da bi nakon nanošenja otiska ram morao biti opran pre nanošenje crvene boje. U uvodnom delu četvorojevanđelja se navodi da je „božanska knjiga“ napisana „pod pokriljem planine koja se zove Ponikve, na reci koja se zove Beaska, na selu koje se zove Vrutci, pri hramu svetoga i slavnoga velikomučenika i pobedonosca Hristova, Georgija“.

Danas se u Nacionalnoj biblioteci u Pragu čuva jedini kompletno sačuvan primerak Rujanskog četvorojevanđelja sa ukupno 300 listova i deo je Šafarikove zbirke. U Ruskoj nacionalnoj biblioteci u Sankt Peterburgu, čuva se drugi relativno oštećen primerak kome nedostaju četiri lista. Narodna biblioteka Srbije je posedovala jedan primerak koji je uništen u bombardovanju Beograda 1941. godine, te je samo jedan odlomak (od 92 lista) sačuvan i nalazi se u muzeju Srpske akademije nauka i umetnosti a delovi se čuvaju i u Muzeju primenjene umetnosti – jevanđelјe po Luki (kvaternion 24. list 8b) i jevanđelјe po Jovanu (kvaternion 29. list 8b).

Plan za izgradnju novog manastira nastao je 2003. godine. U periodu između 2004. i 2006. godine, manastir je obnovljen u blizini starog, na uzvišenju iznad jezera Vrutci. Najpre je podignuta crkva, potom je započeta izgradnja konaka i zvonika. Osveštan je 5. maja 2007. godine i u njemu obitavaju monasi, na čelu sa jeromonahom Teodosijem, koji je iguman manastira od 2018. godine. Manastir ima izgled srednjovekovne bazilike što ga čini jedinstvenim u Eparhiji žičkoj.